Le conseil national d'administration (CNA) constitue l'autorité de l'AFPC entre les congrès. Composé du comité exécutif de l'Alliance (CEA), des présidents et présidentes des 15 éléments, et des vice-présidentes et vice-présidents régionaux, le CNA se réunit trois fois l'an ou au besoin pour prendre des décisions importantes à l'égard des programmes et des politiques.